A jogszabályok értelmében az OEP nemcsak irányítja, felügyeli és szervezi, hanem ellenőrzi is az E. Alap felhasználását. Ennek jegyében 2013 második felében 39 patikánál és 44 gyógyászati segédeszköz forgalmazónál végez úgynevezett készletellenőrzést. A kiválasztás szúrópróbaszerűen történt azon forgalmazók körében, amelyek ártámogatási szerződéssel rendelkeznek.
A készletellenőrzéskor a társadalombiztosítási támogatással rendelkező termékek beszerzésének és kiadásának összhangját vizsgálja az egészségbiztosító. Ehhez a működtetőtől bekérik a termékek beszerzésére vonatkozó valamennyi dokumentumot és a vizsgálat időszakát megelőző pénzügyi év december 31-i tételes zárókészlet leltárát. Az OEP-hez már korábban benyújtott vényelszámolásból pedig kigyűjtik az ellenőrzött termékek eladási mennyiségét havi bontásban. A nyitókészlet és a havi beszerzett mennyiség nem lehet kevesebb, mint az egészségbiztosító felé elszámolt termékek mennyisége.
Amennyiben a számított készlet negatív értéket mutat, az ahhoz viszonyított mértékű társadalombiztosítási támogatás összegét, valamint a jogszabályban meghatározottak szerint számított kamat összegét az E. Alap részére meg kell térítenie az ellenőrzött szolgáltatónak.
A második féléves tervben szerepel egészségügyi szolgáltatók ellenőrzése finanszírozási szerződés megszűnése miatt. Mint kiderült, nem érinti a gazdasági társasági formából állami költségvetési intézménnyé alakult huszonnyolc kórházat, mivel esetükben nem volt indokolt az ellenőrzés az állami tulajdon miatt. Az OEP annyit közölt, hogy idén 147 esetben indított záró ellenőrzést finanszírozási szerződés megszüntetése miatt, s ezekből 89 ellenőrzést fejeztek be. Egyébként a jogszabály értelmében az egészségügyi szolgáltató finanszírozási szerződésének megszűnése esetében az egészségbiztosítónak nem kötelező záró ellenőrzést végeznie, ez csak egy jogszabályi lehetőség.
Idén hat olyan panaszbejelentés érkezett a Pénztárhoz, amely pénzügyi ellenőrzést érint. A bejelentések az OEP által a finanszírozási szerződésben meghatározott feladatokra folyósított pénzeszközök felhasználását érintették. Három ügyet már lezártak, ám az ellenőrzés megállapításairól tájékoztatást csak a fenntartó, illetve a közszolgáltatásért felelős szerv kaphat, tették hozzá.